La raça bruna d’Andorra va aparèixer a l’inici del segle XX quan els ramaders creuen la raça autòctona del país (raça rústica d’aptitud mixta, és a dir per a llet i car) amb la raça bruna de la zona dels Alps, aclimatada a zones d’alta muntanya.
El 2001 es va fer un conveni amb la societat del sud de França Groupe Gascon, dedicats des de fa més de 60 anys a la selecció de la raça gascona, una vaca d’una gran rusticitat de característiques molt similars a la bruna d’Andorra.
D’aquesta manera, s’homogeneïtza la raça a nivell de formes, colors i de mida, així s’aconsegueixen animals molt adaptats al medi. Es busquen animals amb un bons aploms, unes bones potes que els permetin aprofitar tots els racons de les muntanyes i puguin desplaçar-se llargues distancies sense problemes i una gran capacitat d’ingesta per aprofitar el màxim la pastura.
Es busca una vaca rústica amb bones formes per tenir un bon rendiment càrnic, però al mateix temps de caràcter dòcil per els seus cuidadors i que tingui un índex baix de problemes en el moment del part.
Per potenciar aquest factor genètic es crea el llibre genealògic de la raça bruna d’Andorra i es fa un concurs anual nacional de vaca de raça bruna d’Andorra (cada 27 d’octubre des del 2004 en el marc de la Fira Concurs d’Andorra la Vella).
Finalment hi ha una selecció molt acurada dels mascles, element fonamental per mantenir i millorar la raça. Els mascles se seleccionen cada tardor i s’envien a una estació de testatge (al sud de França) i els millors exemplars es subhasten entre els ramaders d’Andorra a la primavera.